بعد از حادثه کودتای سقیفه عمار از متخلفان بیعت با ابو بکر بود. عمار از پیامبر اکرم شنیده بود که به او می فرمود: ای عمار! علی(ع) تو را از هدایتی رد نمی کند و بر امر ناگواری دلالت نمی کند. اطاعت او اطاعت من، فرمانبرداری از من، اطاعت از خداست.
وی همچون علی(ع) از بیعت با ابوبکر خود داری کرد و در جمع مردم مدینه چنین گفت:
ای مسلمانان! بدانید که خاندان پیامبر به ارث او سزاوارتر، به دین او آگاه تر، و بر امت او امین ترند. پس حق را به صاحبانش برگردانید قبل از این که دیر شود و فتنه و آشوب ها سر گیرد و گروه شما را متفرق سازد.
به نقل ابن ابی الحدید، عمار جزء کسانی بود که می خواست دوباره در بین مهاجران شورا تشکیل دهد تا خلافت را به علی برگرداند. چنان که به هنگام مشاوره شورای شش نفره خلیفه دوم، از پشت درهای بسته فریاد مــی زد:
برای یکپارچگی مسلمانان به علی رای دهید و امر حکومت را از خاندان پیامبرتان بیرون نرانید.
عمار در تمام دوران حیات خود از هیچ کوششی برای برپایی دین خدا دریغ نکرد، چنان که پس از خلافت ابوبکر، مردانه در جنگ با مرتدان جنگید و از دین پیامبر(ص) دفاع کرد.
نصربن مزاحم منقری نقل می کند که در جنگ صفین، عمار ضمن یاد آوری حدیث غدیر، به یاران معاویه چنین گفت:
پیامبر(ص) به من امر فرمود: با ناکثین بجنگم، اطاعتش کردم. فرمود: با قاسطین بجنگم، و شما همان هایید. ای مرد ابتر! آیا نمی دانی او به علی(ع) فرمود: من کنت مولاه فعلی مولاه، اللهم وال من والاه و عاد من عاداه.
با وجود روایات فراوان از پیامبر(ص) در بزرگداشت عمار، او در زمان خلیفه سوم بر حیف و میل اموال توسط عثمان اعتراض کرد، به سختی مورد عتاب و ضرب و شتم خلیفه قرار گرفت.(10) فاصله گرفتن خلافت عثمان از سنت پیامبر اکرم(ص)، پیروان علی(ع) را بیش از هرکس، از خلافت او بیزار می کرد و موجب اعتراض آنان می شد.....
و اما اکنون
نکند مکر بنی ساعده تکرار شود
که علی در قفس خانه گرفتار شود